祁姓源流有四：一是出自黄帝之子祁，为黄帝十二姓之一；二是出自帝尧伊祁氏，尧姓伊祁，其后以祁为氏；三是出自春秋晋国大夫祁奚，食邑于祁（今山西祁县），子孙以邑为氏；四是出自少数民族改姓。
祁姓始祖为祁奚，字黄羊，春秋晋国大夫，“外举不避仇，内举不避亲”的典故即出自祁奚。他告老还乡时，晋悼公问其接班人，他举荐了仇人解狐和解狐之子，公正无私传为美谈。
祁姓发源于山西，春秋战国向河北、河南扩散。秦汉时期迁至陕西、甘肃。魏晋南北朝南迁至湖北、安徽。唐宋时期祁姓成为北方大姓，明清时期向东北、江南蔓延。
祁氏以“公正举善”为家训核心，传承祁奚高风亮节。祁氏宗族重视史学与地理学研究，清代祁韵士一脉形成“祁门史学”。
